Я работаю с let’s encrypt примерно с апреля этого года, выписывая сертификаты в больших количествах (много тысяч, постоянно добавляются новые).
Изначально это выглядело примерно так: одна программа составляет список доменов для которых нужен сертификат, вторая программа идёт и эти сертификаты...